Honjo博士因其发现激活诱导的胞苷脱氨酶而众所周知，其对于类开关重组和体细胞超突变是必需的。他很早就建立了从发现DNA缺失开始的类转换重组的基本概念框架（1978）。 Honjo博士确定了一系列涉及免疫调节的关键分子，包括IL-4，IL-5，SDF-1和IL-2Rα链。 令人欣赏的是他通过鉴定RBP-J作为Notch信号传导 目标对发育生物学的开创性贡献。此外，他发现PD-1（程 序细胞死亡-1）在免疫应答效应阶段的负性协同受体， 并证明PD-1抑制有助于癌症治疗。抗PD-1癌症免疫 治疗已在美国，欧盟和日本获得批准。这种治疗革新了 传统的癌症治疗，并被喻为感染性疾病中的青霉素。

       Honjo博士获得了许多奖项，包括恩赐奖 (日本科学 院奖)（1996年），罗伯特·科赫奖（2012年），日本天皇文化秩序（2013年），唐奖（2014），威廉 姆科利奖（2014），Richard V. Smalley，MD纪念奖 （2015），京都奖（2016）和庆应医学科学奖（2016）。 Honjo博士是美国免疫学家协会的荣誉会员，日本政府 颁发的文化优秀人物（2000年），2001年入选美国国 家科学院外籍院士，2003年成为德国自然科学家学会 Leopoldina的会员，2005年成为日本科学院院士。